沈自晋的曲学理论主要集中在《南词新谱》中。他在客观看待新声丽词前提下，辩证地看到：考古可以备法析疑；从今可以传调广教，两者相济方能增强戏曲艺术的生命力。所以沈自晋在修订增补《南九宫十三调曲谱》的过程中于谨守家法的同时，与时俱进，广辑新声丽词，努力将格律声腔、才情美藻各自独胜合为两者同时兼擅的双美。

　　从《重定南词全谱凡例》中可以看出：遵旧式、禀先程、重原词、参增注、严律韵、慎更删等原则侧重体现了沈自晋谨守词隐先生矩矱，在宫调格律的标注、体式的总结分析和例曲的选择上多遵从原谱，在客观求实的基础上进行修订增补，以期新谱更加精准详细、简便直捷，而不为虚华炫目。特别在 严律韵 中，沈自晋认为 语曲以律，其在天人相与之际乎！ 极力推崇合律依腔发于自然的主张。在 稽左手 原则中，沈自晋还点明了戏曲艺术的社会娱乐价值：试思新声一传，群响百和，维时授以清歌，则娇喉吐珠，协比丝竹，飞花斗月，震座倾怀；更令习而登毯，则镟绦在握，递笑传声，骨节寸灵，雅俗心醉。可见沈自晋重视的是戏曲通过声、动所取得的审美动人且雅俗共赏的娱乐效果，而非传统意义上的风教作用，这可以在他自己的戏曲创作中得到证实。在肯定戏曲娱乐价值的同时，沈自晋亦认识到戏曲艺术的文化传承价值：盖声音之道通乎微，一人有一人手笔，一时有一时风气，历历尽然。予兹集，乃博访诸词家，实核其作手，可一览而知其人、论其世，非止浪传姓字已也。这主要是因为沈自晋遭遇明清鼎革，晚年生活在清代，在整理有明一代之戏曲词谱的过程中，通过戏曲作品知人论世，感念故国，所以也就肯定了戏曲艺术能立言传世的文化传承价值。