阮元一生广引学者，普及文化，以整理、刊刻、收藏图书、振兴学术为己任。主编《石渠宝籍》2编，所见内府秘藏书画，遂记题跋并辨别真伪，作《石渠随笔》，为鉴赏家所推重。抚浙时，在杭州创立 诂经精舍 ，纂辑《经辑纂诂》一书，集我国训诂学资料之大成。又搜集图书。藏于灵隐寺，设 灵隐书藏 。后又于镇江设 焦山书藏 。作《杭州灵隐书藏记》、《焦山书藏记》、《焦山书藏书目》，并亲自参与修订《书藏条例》，具有近代图书馆之性质，然而仍偏重保藏。在广州创立 学海堂 ，汇刻《学海堂经解》1 400卷。刊刻有《宋本十三经注疏》。精于鉴别，工金石考证，编著《山左金石志》、《两浙金石志》、《两浙輶轩录》、《皇清碑版录》、《淮海英灵集》、《积古斋钟鼎彝器款识》、《经籍纂诂》等。主修《浙江通志》、《广东通志》等。家藏书极富，藏书楼名 文选楼 、 石墨书楼 、 琅环仙馆 、 积古斋 、 揅经室 、 唐宋旧经楼 、 节性斋 等。藏书印有 雷塘盫主 、 亮功锡祜 、 墨庄藏书印 、 体仁阁大学士 、 五云多处是仙台 、 积古斋藏研处 、 扬州阮氏琅环仙馆藏书印 、 谱研斋著书处 、 泰华双碑之馆 、 家住扬州文选楼隋曹宪故里 、 阮氏伯元 等数十枚。晚年编《文选楼丛书》，收书30余种，大半为自著书。著《揅经室集》、《畴人传》、《广陵诗事》、《定香亭笔谈》、《十三经校勘记》、《小沧浪笔谈》等。